Die Forschungsaktivitäten des Anton Proksch Instituts werden durch eine koordinierende Arbeitsgruppe unter der Leitung von Prim. Univ. Prof. Dr. Michael Musalek und DSA Gabriele Gottwald-Nathaniel, MAS unter der Koordination von Dr. Senta Feselmayer gesteuert.
Sie werden in drei Bereiche unterteilt, wobei großer Wert auf interdisziplinäre Zusammenarbeit gelegt wird:
Neben eigenfinanzierten Projekten spielt die Kooperation mit anderen Institutionen eine bedeutende Rolle, insbesondere mit:
Weiters wirken MitarbeiterInnen des Hauses gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien, der Fakultät für Psychologie und der Fachschule für wirtschaftswissenschaftliche Berufe – Gesundheitsmanagement und Gesundheitsförderung - in Pinkafeld als externe BetreuerInnen für Diplomarbeiten und Dissertationen.