Die Forschungsaktivitäten des Anton Proksch Instituts werden durch eine koordinierende Arbeitsgruppe unter der Leitung von
Prim. Univ. Prof. Dr. Michael Musalek und
DSA Gabriele Gottwald-Nathaniel, MAS unter der Koordination von Dr. Senta Feselmayer gesteuert. Sie werden in drei Bereiche unterteilt, wobei großer Wert auf interdisziplinäre Zusammenarbeit gelegt wird:
Neben eigenfinanzierten Projekten spielt die Kooperation mit anderen Institutionen eine bedeutende Rolle, insbesondere mit der Europäischen Kommission, dem Bundesministerium für Gesundheit, Familie und Jugend, dem Bundesministerium für Unterricht, Kunst und Kultur und der Gemeinde Wien.
Weiters wirken MitarbeiterInnen des Hauses gemeinsam mit der Medizinischen Universität Wien, der Fakultät für Psychologie und der Fachschule für wirtschaftswissenschaftliche Berufe – Gesundheitsmanagement und Gesundheitsförderung - in Pinkafeld als externe BetreuerInnen für Diplomarbeiten und Dissertationen.